本作で最も目を引く特徴の一つが、『ファイナルファイト』でおなじみのハガー市長がプレイヤーキャラクターとして登場することです。ゲームにはシングルマッチだけでなく、非常に特徴的なタッグマッチもあります。プレイヤーは正確な操作で相手を3秒間フォールするか、ギブアップさせることで勝利を目指します。各キャラクターには派手な必殺技やフィニッシュホールドがあり、力強いサウンドエフェクトと相まって、白熱した試合の雰囲気を盛り上げます。
『マッスルボマー』の核心は体力管理と投げ技の発動タイミングにあります。各キャラクターは移動速度やパワーが異なり、ハガーのようなヘビー級キャラクターは近距離での掴み技を得意とし、タイタニック・ティムのようなキャラクターはより広い攻撃範囲を誇ります。戦闘中は、まず打撃で相手の体力を削り、相手が息切れしてふらついた時が、空中からのボディプレスなどの超必殺技を繰り出す絶好のチャンスです。タッグマッチでは、チームメイトと連携して「サンドイッチ攻撃」を仕掛けることを覚えれば、素早く勝利を掴むことができます。相手にフォール(Pin)された場合は、ボタン連打とスティックを激しく動かして抜け出す必要があります。リングの四方にあるロープを利用した反動攻撃は、しばしば意表を突く効果を生み出します。