本作は原作の操作感を維持しつつ、GBCのハードウェア性能を最大限に活用しています。携帯機の画面解像度の制約により、視野は家庭用機版よりやや狭くなっていますが、開発チームはスムーズなスクロールでこの欠点を補っています。本作は単なるグラフィックのリマスターに留まらず、ワールドマップシステムやセーブ機能、そして豊富なアンロック要素が導入されています。プレイヤーは「CHALLENGE」モードで、コース内に隠された赤コインやヨッシーのタマゴを探すことができます。この謎解きとアクションが融合したゲームプレイは、リプレイ価値を大幅に高めています。さらに、ゲームに内蔵された「TOY BOX」機能には、占い、カレンダーといった面白いツールが含まれており、当時としては多機能なゲームパッケージのような存在でした。
本作最大の魅力は、『スーパーマリオブラザーズ ザ・ロストレベルズ』(日本での『スーパーマリオブラザーズ2』)が収録されている点です。解放条件は、「ORIGINAL」モードで300,000点以上のスコアを獲得すること。達成後、タイトル画面に「FOR SUPER PLAYERS」という選択肢が出現します。このモードは非常に難易度が高く、数々のトラップや意地悪な仕掛けが満載で、腕利きのハードコアプレイヤーの腕前を試す、究極の試練の場となっています。
「CHALLENGE」モードでは、各コースに3つの目標があります:特定スコアの達成、赤コイン5枚のコンプリート、隠されたヨッシーのタマゴの発見です。
GBCの画面比率の制約上、一部のジャンプでは着地点が一目で確認できない場合があります。十字キーの下を押し続けると、カメラを少し下に移動させて状況を確認できます。大きなジャンプに挑む際は、Bボタンでダッシュして最高速で走ることをお勧めします。本作(デラックス版)の物理演算は原作同様にシビアであり、長い穴を飛び越えるにはスピードが鍵となります。
1-1コースのゴール手前にある階段で、ノコノコのこうらを使った「無限1UP」は本作でも有効です。階段のふちにこうらを引っ掛け、連続でジャンプして踏みつけることで、短時間で残機を上限まで増やすことができます。これにより、後の高難易度コースにもプレッシャーなく挑戦できます。
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