本作には複数のクリア方法があります:画面上のすべてのチェリーを食べる、すべての敵を倒す、または「EXTRA」の文字を集めてエクストラライフを獲得する、などです。ゲーム中、敵のAIはステージが進むにつれて賢くなり、トンネルを掘ってプレイヤーを追いかけてくることさえあります。このような高い自由度と多様な戦略性により、『Mr. Do!』は数多くの類似ゲームの中から一線を画し、80年代を代表するパズルゲームの一つとなりました。
ハイスコアを狙うプレイヤーは、ただチェリーを食べるだけでは満足せず、リンゴの罠を利用します。穴を掘る際に垂直の通路を残しておき、敵が群れで追いかけてきた時にリンゴを落としてまとめて倒すことで、非常に高いボーナススコアを獲得できます。
パワーボールについて:これは唯一の遠距離攻撃手段ですが、一度投げると手元に戻ってくるまで再使用できません。ボールが素早く跳ね返ってくるよう、狭い通路で使用することをおすすめします。また、一定時間ごとに画面中央に食べ物が落ちてきます。これを取るとアルファベットモンスターが出現するため、「EXTRA」ボーナスを狙う絶好のチャンスです。敵の形態変化には常に注意しましょう。敵がディガー(穴掘り)形態に変わると、それまでの迷路のルートはもはや安全ではなくなります。