『ドンキーコングJR.』は、初代をベースに、操作の奥深さが大幅に向上しています。ゲームの核となるのは「ツタ登り」で、ドンキーコングJR.はツタを片手で掴んでいるときの移動は遅いですが、両手でそれぞれ別のツタを掴むと、登るスピードが大幅にアップします。逆に、ツタに両足をかけると、滑り降りるスピードも非常に速くなります。このスピードの変化が、ゲームに戦略性を加えています。
ゲームは全4ステージで構成されており、ジャングルステージ、スプリングボードステージ、電極ステージ、そして最後の鎖ステージへと進みます。各ステージにはユニークなAIを持つ敵が登場します。例えば、ツタを這い上がってくる「スナップジョー」や、空中から急降下してくる鳥などです。プレイヤーは反射神経が試されるだけでなく、フルーツを落として下の敵を倒し、高得点を狙うこともできます。本作は、マリオが唯一、悪役として登場するシリーズ正伝の作品でもあります。
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