本作は『X-MEN VS. STREET FIGHTER』に続くクロスオーバー作品であり、選択可能なキャラクターの範囲をさらに広げ、より多くのマーベルの代表的なキャラクターを対戦ラインナップに加え、同時に『ストリートファイター』シリーズの象徴的なキャラクターも残しています。ゲームの核となるメカニズムは2対2のチームバトルで、プレイヤーは2人のキャラクターを選択してチームを構成し、戦闘中にいつでも交代することができます。出場していない待機中のキャラクターはゆっくりと体力回復します。最も注目すべき革新は「チームメイト援護」システムで、プレイヤーは待機中のキャラクターを呼び出して一度補助攻撃を行うことができ、コンボの組み合わせと戦術の変化を広げます。さらに、ゲームはさまざまな強力なチームコラボレーション技を提供しており、たとえば「援護合撃」は、2人のキャラクターが同時に超必殺技を発動し、非常に迫力のあるシーンを演出します。このハイペースで自由度の高いコンボシステムと革新的なチームメカニズムは、その後の「Marvel vs. Capcom」シリーズゲームの基調を確立し、格闘ゲーム界に革命的な体験をもたらしました。
Hyper Comboゲージ(ハイパーコンボゲージ)はゲームの主要なリソースであり、Lv 1以上に蓄積するとキャラクターの「Hyper Combo」(超必殺技)を発動できます。そしてLv 2以上では、強力なチーム技である「Cross-Over Combination」(援護合撃)を発動でき、これは2人のキャラクターが同時に超必殺技を発動することで、戦局を逆転させる鍵となります。さらに、ゲージを利用して「Cross-Over Counter」(援護カウンター)を使用すると、防御時にチームメイトを呼び出して反撃し、キャラクターを交代させることができ、攻守を切り替えることができます。
これは本作で最も戦略的なメカニズムです。地上で、待機中のキャラクターを呼び出して一度補助攻撃を行うことで、コンボを延長したり、自身の攻撃の隙を埋めたり、相手のガードを崩したり、安全にキャラクターを交代したりすることができます。適切なアシストキャラクターとタイミングを選択することが非常に重要です。たとえば、射撃系のキャラクターのアシストを使用して相手の動きを制限したり、判定の高い近接アシストでコンボを繋げたりします。
ゲーム内のほとんどのキャラクターは、相手を空中に打ち上げる「Air Combo開始技」を発動し、その後、弱→中→強の順に追撃することができます。キャラクターの起動技と空中追撃の手法を熟練することが、高ダメージコンボを繰り出すための基礎です。トレーニングモードで練習を重ね、さまざまなキャラクターのAir Comboのリズムと最大追撃回数を見つけることをお勧めします。
相手の攻撃をガードする際、「ブロッキングラッシュ」を使用すると、相手を一定距離押し出し、安全な空間を作り、プレッシャーを回避できます。同時に、相手に打ち上げられたり、投げられた瞬間に、正しい「受け身」のコマンドを入力することで、ダウンを避けたり、追撃される機会を減らし、戦闘態勢を素早く回復できます。これらの防御テクニックは、高レベルの対戦において非常に重要です。