《에어로 파이터즈 3》에서는 플레이어가 일본, 미국, 독일, 영국 등 여러 국가의 캐릭터 중 하나를 선택할 수 있으며, 각 캐릭터 그룹은 서로 다른 전투기, 공격 방식, 그리고 강력한 '폭탄(BOMB)'을 보유하고 있습니다. 이 게임의 가장 큰 특징은 비선형적인 스테이지 디자인입니다. 플레이어가 특정 스테이지에서 목표물을 파괴하는 방식이나 시간에 따라 게임이 다른 분기 루트로 진입하여, 최종적으로 여러 다른 엔딩으로 이어집니다. 전작 두 편에 비해 3편은 기체 화력 업그레이드 시스템이 더욱 풍부해졌고 조작감도 훨씬 부드러워졌습니다. 게임의 스타일은 진지한 전쟁 소재 속에 거대한 게나 원숭이로 변신하는 메카 보스 같은 수많은 황당한 요소를 섞어 놓았는데, 이러한 갭 모에(반전 매력) 또한 이 시리즈의 핵심적인 매력입니다.
초보자에게는 미국 팀의 '시코르스키' 헬리콥터를 추천합니다. 이동 속도는 느리지만, 총알의 커버 범위가 넓고 보조 무기에 자동 추적 기능이 있어 생존율이 매우 높습니다. 스피드런을 추구하는 플레이어에게는 일본 팀의 제로센이 최고의 선택입니다. 차지 공격과 폭탄의 대미지가 매우 높아 보스전 시간을 빠르게 단축할 수 있습니다.
스테이지 진행 방향은 플레이어의 스테이지 클리어 방식에 따라 결정됩니다. 예를 들어, 첫 번째 스테이지에서 특정 건물을 파괴하거나 특정 색상의 적기를 격추하면 다음 스테이지가 유럽 전장이 될지 아시아 전장이 될지 결정됩니다. 숨겨진 스테이지나 진엔딩에 도전하고 싶다면, 각 스테이지의 공략 순서를 완벽하게 숙지해야 합니다.
여기서 폭탄은 단순히 생존을 위한 도구가 아닙니다. 이 게임은 아이템 드롭률이 높은 편이므로, 보스가 여러 형태로 변화할 때 적극적으로 폭탄을 사용하여 탄막을 상쇄하고 근접해서 대미지를 입혀야 합니다.
이 게임은 2인 협력 플레이를 지원하며, 특정 캐릭터 조합은 특별한 엔딩 대화를 발생시킵니다. 두 명이 함께 플레이할 때, 한 명은 잡몹(자코) 처리를 담당하고 다른 한 명은 보스에게 차지 공격을 하는 전략으로 안정적으로 클리어할 수 있습니다.
게임 내 코인의 점수는 획득하는 위치에 따라 달라집니다. 화면 최상단에서 코인을 획득하면 최고 점수(2000점)를 얻을 수 있으므로, 화력으로 적을 제압한 상황이라면 적기가 폭발하는 순간에 화면 위쪽으로 돌진하여 점수를 획득하는 것이 좋습니다.