『ワリオランド2』は、プラットフォームアクションゲームに画期的な**「不死身」**システムを導入しました。ワリオは攻撃を受けてもミスになることはなく、コインを少し失ったり、特殊な状態に変化したりするだけです。この設計により、ゲームの焦点は従来の「ダメージを避ける」ことから「ダメージを利用する」ことへと転換しました。
ゲームのステージには複数のルートが存在し、プレイヤーが特定のステージで異なる出口を見つけると、全く異なる次のチャプターやストーリー分岐へと進み、最終的に5種類のエンディングにたどり着きます。このマルチ分岐ルートとマルチエンディングの設計は、ゲームのリプレイ価値と探索の奥深さを大幅に高めています。
このような革新的なシステムと非線形的なゲーム進行により、本作はゲームボーイ時代において最もユニークで、高く評価されたプラットフォームゲームの一つとなっています。
ほとんどのステージのメインゴールは分かりやすい場所にありますが、多くのステージには2つ目、あるいは3つ目の隠しゴールが存在します。これらの隠しゴールを見つけることが、異なるストーリーラインを解放する鍵となります。
ゲームのパーフェクトエンディング(または真のエンディング)を見るには、常にキャプテン・シロップを追いかけ、彼女のメインのお宝を奪い返さなければなりません。これは、分岐のある各ステージで、次の「追跡」がテーマのチャプターへと続く出口を選び、ワリオが城や水中に閉じ込められてしまうような分岐ルートを避ける必要があることを意味します。
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