『ロックマン3』では、Dr.ワイリーは表面上は改心したと見せかけ、Dr.ライトと協力して「平和ロボット」を製造するが、再び邪悪な陰謀を隠している。プレイヤーはロックマンを操作し、8体の新しいロボットマスターに挑戦し、彼らのスキルを吸収して戦う。ゲームにはスライディング操作が追加され、キャラクターの行動がより柔軟になり、補助ロボット「ラッシュ」も導入された。ラッシュはバネ板、潜水艦、ジェットに変形でき、複雑な地形の通過を助ける。ゲームの後半では、前作のボスが改造されたバージョンと再び戦う必要があり、挑戦の難易度が上がり、内容がさらに豊富になっている。
『ロックマン3』は、前作の爽快な打撃感と精巧なステージデザインを継承しているだけでなく、スライディングやラッシュシステムなどの重要なメカニズム上のブレイクスルーをもたらし、アクションと戦略の融合をより密接にしている。ゲームの難易度は適切でありながらも挑戦的で、シリーズのベテランプレイヤーと新規プレイヤーのどちらにも非常に優しい。多くのプレイヤーから8ビット機時代で最も成熟し、最も面白い作品の一つと見なされている。クラシックな音楽、キャラクターデザイン、戦闘のリズムも印象的で、アクションプラットフォームゲームの最高峰と言える。
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