少年ナルトが仲間と共に任務に赴き、謎の組織「暁」の陰謀に立ち向かい、木ノ葉隠れの裏を守る。
方向キーで忍者を移動、Aボタンで忍術を選択(チャクラを消費)、Bボタンで防禦。寫輪眼の使い手(カカシなど)は敵の行動を予測でき、「封印班」ユニットは結界トラップを設置できる。真のエンディングには全メイン任務のSランククリアが必要で、「終末の谷」での宿命の対決が解放される!
このGBAでのナルトの戦棋ゲームは、忍術の特色と戦略的なゲームプレイを完璧に融合させている!「チャクラ屬性の相性」が戦闘に変化をもたらす――雷遁は土遁を破り、火遁は風遁を制し、そして「小隊連攜」システムは原作のクラシックなコンボ(豬鹿蝶フォーメーションなど)を再現している。隠された「尾獣化」狀態はHPが20%以下で発動し、全ての「忍の書」を集めると「飛雷神の術」などの禁術が解放される。畫面には限りがあるが、九尾のチャクラが爆発し、盤面が一瞬で焦土と化したとき、その視覚的な衝撃はファンを熱狂させること間違いなし!